功能医学的思维模式与传统医学模式不同，从以“疾病”为中心，转化为以“人”为中心，关注健康中的“两个核心问题”、“五个引起疾病的环境因素”、“七个生理失衡”。

随着各种临床研究以及营养基因组学、代谢组学等系统生物医学的进展，越来越多有关肿瘤的发病因素被人们认知。每个人都携带着肿瘤基因，但是后天的环境因素可以调控肿瘤基因是否进行表达，这一观点已经为大多数人所接受，即：

肿瘤是基因和外界环境相互作用产生的一类慢性疾病，而基因所处的细胞内环境，可以让肿瘤基因启动或关闭。

心脏病是现代社会的健康杀手，使用他汀类药物降低胆固醇是治疗心血管疾病的主要方法。然而，他汀类药物疗法会引起线粒体损伤的副作用。常见的疾病他汀类药物引起肌炎、肌痛，伴或不伴血清肌酸激酶水平上升。肌病包括肌痛、肌炎（与肌酸激酶水平上升相关的肌肉组织发炎）、严重的横纹肌溶解（严重的肌肉组织发炎）。他汀类药物引发的肌病的组织学研究表明电子链障碍进一步加剧了线粒体损伤引发肌病。线粒体肌病与有他汀类药物引发的CoQ10损耗有关。心肌细胞中线粒体的密度高，CoQ10在线粒体能量产生中起着重要作用，因此CoQ10损耗一直以来都和心脏病风险的增加有关。

前列腺增生（BPH）是中老年男性常见疾病之一，随着全球人口老龄化患病人数日渐增多。前列腺增生的发病率会随年龄递增，疾病早期由于身体可以代偿，症状不典型，随着下尿路梗阻加重，症状逐渐明显，临床症状包括储尿期症状、排尿期症状以及排尿后症状。由于病程进展缓慢，难以确定起病时间。

美国功能医学研究院就预防前列腺增生提出方法。