功能医学的思维模式与传统医学模式不同，从以“疾病”为中心，转化为以“人”为中心，关注健康中的“两个核心问题”、“五个引起疾病的环境因素”、“七个生理失衡”。

一、两个危害健康的核心问题

1.患者要祛除的危害健康的因素：环境毒素或自身产生有害物质、过敏源、感染或炎症、不良的饮食习惯、压力等；

2.患者对维护身体健康所需要的物质是否可能存在潜在的、或明显的不足：如优化的食物（蛋白质、脂肪、碳水化合物、纤维），天然营养素（维生素、矿物质、必需和半必需营养素、激素），阳光、水和空气等。另外，是否有健康需要的睡眠、深度的放松、足够的运动、适当的生活节奏、爱情、社会关系、心灵健康。

二、五个引起疾病的环境因素

1.毒素（Toxins）（生物性、化学或金属元素、合成性的）

2.过敏源（Allergens）（食品、霉菌、灰尘、动物、花粉、化学品等）

3.微生物（细菌、酵母菌、寄生虫、病毒等）

4.压力（Stress）（身体或心理）

5.不健康饮食（SAD或标准美国饮食）

三、七个核心的生理系统和临床失衡：环境因素（五个疾病原因）与基因相互影响造成的七个生理系统的平衡

1.荷尔蒙和神经递质的失衡

2.抗氧化系统的失衡和线粒体功能失衡

3.毒素代谢和生物转运功能失衡

4.免疫和炎症的失衡

5.消化、吸收和肠道微生物环境失衡

6.结构失衡：细胞膜或肌肉骨骼系统功能失衡

7.精神、身体（身心灵）失衡

应用新的模式去思考疾病，应该了解人体是复杂的生物系统，包含所有变量，因此功能医学不仅仅关注疾病的症状。症状是人体基本功能失衡与内环境动态响应产生的，它是身体企图重新建立平衡，自我恢复功能与健康的表现。

功能医学注重评估疾病的原因和机制，而不是单纯放在确认病理及实验室诊断。它的治疗重点在于祛除病因和恢复正常的功能，而不是单纯的症状抑制。

功能诊断：寻找你生理失衡的路径，这种诊断评估的新框架被称为功能诊断，不同与传统医学模式的单纯评估病理。功能诊断评估遗传倾向、机体储备功能、代谢能力、生理机能的变化、昼夜周期性变化和早期组织损伤。功能医学注重发现身体变化的动态过程，给予个性化的干预，且这种干预是连续性、具有网络关联性的。